Pek çok hastalık koku oluşumunda etkili olabilir: Gırtlak ve alt solunum yolu hastalığı olarak çeşitli larenjitler, bronşitler, diğer akciğer iltihapları, bronşiektazi, gırtlak ve akciğer kanserleri ağız kokusu oluşturur. Mide ve bağırsak sistemine bağlı hastalıklardan yemek borusundaki kistler, kesecikler, mide kanamaları, gastrit ve ülserler, reflü hastalıkları, mide fıtıkları, yemek borusu ve mide kanserleri, bağırsakların paraziter hastalıkları, dizanteri, gıda zehirlenmeleri, karaciğer hastalıkları, akut karaciğer yetmezliklerinde ağız kokusu görülebilir. Bu nedenle sorunun altta yatan nedeninin iyi araştırılması gerekir.