Mustafa Koç, Abdülhamid’in subaylarından Nuri Paşa tarafından 1895’te yaptırıldığı Beykoz Kanlıca’daki Nuri Paşa Yalısı’nda oturuyordu.
21 Ocak 2016 tarihinde evinde sabah sporunu yaparken kalp krizi geçirdi. Acilen önce Beykoz Devlet Hastanesine, ardından Amerikan hastanesine kaldırıldı. Ancak kurtarılamadı ve 11.30 da vefat etti.