Türbe içerisinde on bir sanduka bulunmakta olup, bunların çevresi sedef kakmalı korkuluklar içerisine alınmıştır. Burada Şeyh Yahya Efendi’nin yanı sıra, Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Raziye Sultan, oğlu İbrahim Efendi, annesi Afife Hatun, Sultan II. Abdülhamid’in kızı Hatice Sultan ve oğlu Bedreddin Efendi, Şeyh Mehmet Nuri Şemseddin Efendi, Şeyh Hasan Efendi, Şeyh Yahya Efendi’inin küçük oğlu Şeyh Ali Efendi, Derviş Ali, Yahya Efendi’nin eşi Şerife Hatun’un sandukaları bulunmaktadır.