Fener Rum Okulu’nun tarihi, İstanbul’un fethi sonrasına dayanıyor. 1453’teki fethin ardından şehri terk eden Bizanslı yönetici ve tüccarları geri çağıran Fatih Sultan Mehmed Han, 1454 yılında yayınladığı bir fermanla Ortodoksların haklarını güvence altına aldı.
